Для запуску MySQL–сервера у системах Windows 95/98/ME необхідно виконати файл mysqld.exe. Сервер запускається як безвіконний фоновий процес. При цьому він залишається в пам'яті та обробляє запити від клієнтських програм. Якщо сервер не було зупинено коректно, при наступному запуску у файлі mysql.