Сюжет "Mafia: The City of Lost Heaven" розбитий на двадцять глав (Деякі розділені на дві частини) за принципом опису подій, що відбуваються в один день. В ході глави Головний герой виконує кілька місій. Іноді відбувається автозбереження, яке надалі можна завантажити з головного меню гри.